Los edificios que componen el monasterio fueron sufriendo diversas reformas desde los inicios medievales, llegando a convivir todos ellos con una hospedería reciente creada a finales del siglo XVIII. El devenir y la exclaustración de los monjes se producen a mediados del siglo XIX debido a una serie de leyes desamortizadoras que se iniciaron durante la Guerra de Independencia Española. Estas sucesivas desamortizaciones finalizaron definitivamente con la actividad del convento en octubre de 1835. El rigor de los elementos y de los actos de rapiña causan su estado ruinoso en apenas varias décadas. El abandono convirtió el conjunto finalmente en una ruina. Las ruinas controladas que pueden observarse a comienzos del siglo XXI se erigieron en un periodo que va desde el siglo XII hasta el XVIII. Se declaró como Monumento Histórico Artístico el 3 de junio de 1931 por decreto publicado por el Gobierno provisional de la Segunda República. A pesar de ello las ventas posteriores de terrenos circundantes incluían algunos edificios del monasterio. Acto que obligó al Ministerio de Cultura a iniciar expropiaciones forzosas en el año 1981, siendo un conjunto protegido en 1995 en propiedad de la Junta de Castilla y León. Se han realizado varias intervenciones parciales a finales del siglo XX, comienzos del XXI.

Desde la publicación de Fray Ángel Manrique a mediados del siglo XVII se ha creído que el de Moreruela era el primer monasterio cisterciense hispánico. Datándose su incorporación en 1131. Esta creencia se mantuvo en pie hasta que en 1959 en el transcurso de la Segunda Semana de Estudios Monásticos el estudioso del Císter comienza a ponerlo en duda retrasando la fundación entre 1153 y 1158, apuntando a Santa María de Fitero datado en 1140.³​ Esta afirmación abrió un debate entre los académicos que continúa existiendo en la primera década del siglo XXI. El conjunto que puede observarse a comienzos del siglo XXI es una mezcla de estilos arquitectónicos que van desde el románico tardío, pasando por el gótico y finalizando en una arquitectura del siglo XVIII.